Με τα εμβόλια εισάγουμε στον οργανισμό ένα κομμάτι από τον μικροοργανισμό που λέγεται αντιγόνο και συνήθως είναι κάποια πρωτεΐνη του μικροοργανισμού.
Πιο σπάνια, εισάγουμε τον ίδιο τον μικροοργανισμό νεκρό ή εξασθενημένο.
Με τον τρόπο αυτό διεγείρουμε τον οργανισμό να παράγει δικά του αντισώματα τα οποία κατευθύνονται εναντίον του συγκεκριμένου μικροοργανισμού. Έτσι εάν στο μέλλον προσπαθήσει να μπει στον οργανισμό του παιδιού ο συγκεκριμένος μικροοργανισμός, τα αντισώματα που ήδη υπάρχουν θα τον εξουδετερώσουν και το παιδί σας δε θα αρρωστήσει.
Τα τελευταία χρόνια χρησιμοποιούνται και νέες τεχνολογίες που αφορούν σε γονιδιακές αλληλουχίες πρωτεϊνών του μικροοργανισμού.